На всякий случай удаляем историю изменений локального проекта:

rm -rf .git

Заново создаём репозиторий:

git init
git add .
git commit -m "Initial commit"

Пушим в удалённый репозиторий, гарантированно перетирая историю изменений:

git remote add origin [email protected]:<YOUR ACCOUNT>/<YOUR REPOS>.git
git push -u --force origin master