На всякий случай удаляем историю изменений локального проекта: 
```sh
rm -rf .git
```

Заново создаём репозиторий:
```sh
git init
git add .
git commit -m "Initial commit"
```

Пушим в удалённый репозиторий, гарантированно перетирая историю изменений:
```sh
git remote add origin git@github.com:<YOUR ACCOUNT>/<YOUR REPOS>.git
git push -u --force origin master
```