reboot -r для этого необязателен, а вот для чего он обязателен, у меня тоже есть тесткейс
то есть был
Фряха в виде nanobsd на 8-мегабайтном флеше с загрузчиком U-Boot, перепрошивка без консоли по сети
md формируется в RAM (в моём случае было 128M RAM), reboot -r, на md стартует кастомный /etc/rc, который качает по сети на md новый образ, льет его во флеш и делает полный ребут
Рабочий код для этого http://www.grosbein.net/freebsd/mips/upgrade/
скрипт upgrade подготавливает md
скрипт rc.upgrade это и есть кастомный /etc/rc на md

https://lists.freebsd.org/pipermail/freebsd-mips/2016-February/004431.html