Para acessar a configuração no PHPStorm: ctrl + shift + A -> type: run debug -> Add Configuration -> + -> PHP Built-in Web Server 

se você tem um script server.php (para simular o mod_rewrite do apache*, roteador inicial) você deve marcar a opção "Use route script"

em "interpreter options" coloque: -dxdebug.remote_enable=1 -dxdebug.remote_mode=req -dxdebug.remote_port=9000 -dxdebug.remote_host=127.0.0.1 

o resultado será: php -S localhost:8000 -dxdebug.remote_enable=1 -dxdebug.remote_mode=req -dxdebug.remote_port=9000 -dxdebug.remote_host=127.0.0.1