Yuki Sakamoto YukiSakamoto

Quantum ESPRESSOは、オープンソースの第一原理計算ソフトウェアです。 QEのビルド・テスト・ポテンシャルの作成あたりまでやります。

前提

ここでは、Intel compiler及びIntelMKLを使った並列計算用のビルド方法を書きます。 OpenMPは使っていません。

	mkdir -p mod_mdoc
	cd mod_mdoc
	for i in {01..20}
	do
	filename=`printf "tomo_%02d.mrc.mdoc" ${i}`
	outfilename=`printf "tomo_%02d.mod.mrc.mdoc" ${i}`
	grep -v DateTime ../${filename} > ${outfilename}
	# echo ${filename}
	done

	OPT_FLAG=-O3

	all: matrix.x

	matrix.x: matrix.cpp
	g++ -std=c++11 $(OPT_FLAG) matrix.cpp -o matrix.x

	.PHONY: run
	run: matrix.x
	./matrix.x

	#include <mach-o/loader.h>
	#include <cstdio>

	void print_filetype(const uint32_t filetype)
	{
	const char *msg;
	switch(filetype) {
	case MH_OBJECT:
	msg = "MH_OBJECT";
	break;

	#include <mach-o/arch.h>
	#include <iostream>

	int main(void)
	{
	const NXArchInfo *pNXArchInfo = NXGetLocalArchInfo();
	std::cout << pNXArchInfo->name << std::endl;
	std::cout << pNXArchInfo->description << std::endl;
	return 0;
	}

	dyld: lazy symbol binding failed: Symbol not found: ___emutls_get_address
	Referenced from: /Users/swakamoto/opt/gcc-9.2/lib/libmpfr.4.dylib
	Expected in: /usr/lib/libSystem.B.dylib

	dyld: Symbol not found: ___emutls_get_address
	Referenced from: /Users/swakamoto/opt/gcc-9.2/lib/libmpfr.4.dylib
	Expected in: /usr/lib/libSystem.B.dylib

	def wl2wn( lambda_in_nm )
	return 10000000.0/lambda_in_nm
	end

	def diff_cross_section(wn)
	return 5e-48 * (wn - 2331.0)**4
	end

	[633, 515, 488, 458, 436].each do \|wavelength\|
	puts "#{wavelength}\t#{1.0e32*diff_cross_section(wl2wn(wavelength))}"