Обновить версии зависимостей в package.json можно с помощью пакета npm-check-updates.

Алгоритм такой:

npm i -g npm-check-updates # Устанавливаем пакет глобально
ncu # Получаем список доступных для обновления версий зависимостей
ncu -u # Обновляем версии зависимостей в package.json

Наконец обновляем зависимости в соответствии c новыми версиями:

npm i

N.B. С обновлениями версий зависимостей нужно быть предельно внимательным! Обязательно сохраните рабочую версию package.json перед обновлением.